近日，猪禽种业全国重点实验室、岭南现代农业科学与技术广东省实验室、广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室、华南农业大学动物科学学院张哲教授团队与国内外多个研究团队在国际权威期刊Advanced Science（影响因子15.6）上发表了题为“Multi-tissue Genetic Regulation of RNA Editing in Pigs”的研究论文。该研究确立了RNA编辑鉴定流程，基于国际家养动物研究计划FarmGTEx-PigGTEx项目的5,457个RNA-seq样本，成功构建了覆盖猪34个组织的RNA编辑图谱；系统开展猪RNA编辑数量性状基因座（edQTL）分析，绘制了RNA编辑遗传调控效应图谱；通过与猪性状GWAS整合分析策略，为理解基因的转录后调控参与猪复杂性状形成提供了新证据。
RNA编辑是一种在RNA水平上改变序列的转录后修饰过程，尤其在哺乳动物中广泛存在的A-to-I和C-to-U编辑，对基因功能、蛋白质多样性和性状调控具有重要影响。尽管RNA编辑在人类和小鼠中已被广泛研究，但其遗传调控效应（edQTL）研究在猪等农业动物中此前仍属空白。研究团队经过严格的质控过程，在猪中识别出315,736个RNA编辑位点，并通过进一步整合基因型数据，鉴定了49,614个顺式edQTL。尤为重要的是，研究发现超过32%的edQTL独立于已知的表达QTL（eQTL）和剪接QTL（sQTL），表明其构成相对独立的调控层面。进一步的遗传力富集与共定位分析显示，这些edQTL在33个复杂性状（如生长速度、繁殖性能等）的全基因组关联分析（GWAS）信号中显著富集，且在部分性状中，edQTL甚至表现出比eQTL和sQTL更高的遗传力富集度，提示其在性状形成中扮演着不可忽视的角色。研究还揭示了edQTL调控复杂性状的多元机制：既可通过直接影响RNA编辑独立发挥作用，也可与基因表达、可变剪接协同调控同一性状（如rs3474254066位点在血液中调控TMC6基因的RNA编辑和剪接，同时在囊胚中调控BIRC5基因表达，进而影响产活仔数）。此外，跨物种的比较发现了数百个在猪与人之间进化保守的RNA编辑事件，这些事件富集于神经信号传导等关键通路，提示其在生物学功能上的深层保守性。
该研究在猪中不仅成功构建了覆盖猪34个组织的RNA编辑图谱，而且建立了首个猪多组织RNA编辑遗传调控效应（edQTL）图谱，同时还发现了其参与猪复杂性状形成的新证据，为今后通过RNA编辑进行猪分子育种和性状改良提供了重要的资源支撑和科学依据。
动物科学学院已毕业博士潘向春、在读博士生龚文滔以及蔡晓钿、首聘副教授滕金言为论文为共同第一作者，动物科学学院张哲教授、李加琪教授、袁晓龙副教授，奥胡斯大学房灵昭助理教授为论文的共同通讯作者。同时，多家单位的老师和同学参与了本项研究工作。本研究得到了国家重点研发计划项目（2022YFF1000900）、国家生猪产业技术体系（CARS-35）的资助。
相关论文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202518238
文图/动物科学学院
