中国农业历史遗产研究所特藏室成立于1955年，由中国农史学科奠基人之一梁家勉研究员亲自创建。书库面积约450平方米，分古籍书库、岭南方志库、现代图书库、期刊库等四个库房。馆藏以古农书为核心的图书文献近10万册，其中古籍3.8万册，内含列入国家珍贵古籍名录（1种）、中国古籍善本书目（54种）、广东珍贵古籍名录（8种），是中国古农书典藏最为集中之地，也是全世界古农书版本收藏最丰富的书库。何康、刘瑞龙、邵鸿、李约瑟、竺可桢、葛剑雄、渡部武等农业界、科学界、史学界等领导、专家都曾多次到访，并给予高度评价。近年来，特藏室助力中国荔枝博览馆、南沙沙田历史陈列、华南农业博物馆建设，大力挖掘、保护岭南农业文化遗产，广泛、深度宣讲农耕文化，承办“中国重要农业文化遗产巡展和古籍修复技艺进校园”等活动，并每年接待数十批国内外专家学者和学生来室参观学习交流，成为我国农耕文明研究、宣传和传承的重镇。
特藏室位于校农史-档案馆楼三楼，是广东省古籍重点保护单位、广东省科普教育基地、广东省农耕文明重点实验室、广州农业文化遗产重点研究基地。
